基于牡丹EST信息的滇牡丹SSR標(biāo)記開發(fā)

摘要： 對(duì)NCBI(美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心)中牡丹的ESTs(expressed sequence tags)的序列進(jìn)行分析,結(jié)果表明:在所分析的2 204條序列中,僅324條分布有SSRs(simple sequence repeats),占全部ESTs序列的14.70%;SSR的出現(xiàn)頻率為15.20%,共計(jì)335個(gè),其中,二核苷酸重復(fù)比例84.18%,三核苷酸重復(fù)比例為15.22%,四和六核苷酸重復(fù)比例為0.30%。在此基礎(chǔ)上,利用軟件(serafer 1.3)設(shè)計(jì)了51對(duì)備選SSR引物,以6個(gè)滇牡丹不同花色類群DNA為模板對(duì)引物進(jìn)行篩選,其中,10對(duì)引物有擴(kuò)增產(chǎn)物;用這些引物進(jìn)一步在10個(gè)類群50個(gè)DNA模板進(jìn)行多態(tài)性測(cè)試,結(jié)果顯示:上述10對(duì)SSR引物均有多態(tài)性,且同一類群內(nèi)不同模板DNA間也存在多態(tài)性。本研究結(jié)果證明:基于牡丹EST信息建立SSR標(biāo)記是一種有效而可行的方法,有助于滇牡丹遺傳多樣性分析及基因組學(xué)方面的研究。 （共5頁(yè)）