石刁柏EST序列中微衛(wèi)星分布特征分析

摘要： 目的:開發(fā)新型石刁柏EST-SSR分子標(biāo)記和開展相關(guān)的分子生物學(xué)研究。方法:利用EST-trimmer、Repeat Masker、SSRIT等生物信息學(xué)分析工具對石刁柏EST數(shù)據(jù)庫中的EST序列進(jìn)行去除poly A/T尾,載體、重復(fù)序列和低質(zhì)量序列處理,并對EST序列中SSR分布特征進(jìn)行了分析。結(jié)果:在NCBI數(shù)據(jù)庫中下載的8 565條石刁柏EST序列中,重復(fù)次數(shù)超過5次的SSR共有610個(gè),其中分布于601～800bp的EST-SSR標(biāo)記最多,共464個(gè),占SSR總數(shù)的77.33%;主要SSR重復(fù)基元類型是二核苷酸,共426個(gè),占SSR總數(shù)的69.84%,其次是三核苷酸占SSR總數(shù)的29.18%。四核苷酸和五核苷酸的SSR僅各3個(gè)。結(jié)論:石刁柏EST中存在豐富的SSR信息,其中二核苷酸的AG/TC、GA/CT以及三核苷酸的CTT/GAA是SSR主要的重復(fù)單元。 （共5頁）